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DNA技术绘制出世界最小《蒙娜丽莎》!画作宽度仅100纳米

原创TechPunk

【摘要】这是世界上目前为止最小的蒙娜丽莎画像,大致与单独的大肠杆菌一样大 ,整个画布仅有 100 纳米宽。100 纳米有多小呢?...

2006 年,加州理工学院的 Paul Rothemund 博士开发了一种技术,能按照预先的设定,将 DNA 折叠成特殊的形状。这一技术也被戏称为“DNA折纸”。它让科学家们能控制 DNA 的自我组装,拼成特定的形状。100 纳米大小的 emoji 表情就是科学家们的杰作。

DNA 可以组装成各种形状,包括 2D 笑脸表情、3D 几何物体和字母积木。这种组装是基于一个简单的规则,即碱基对互补。由配对碱基的氢键驱动,互补 DNA 链将自发形成双螺旋。本质上,DNA 的两条链通常是完全互补的。然而,如果 DNA 链仅是部分互补的,那么两条链都可以与多条链互补。Rothemund 指出,这个概念是 DNA 纳米技术的基础。

这一技术除了好玩之外,还给纳米技术领域带来了革命:人们能利用这一技术,制造出分子级的“设备”,或是分子级的“智能材料”,从而带来无限应用可能。但是之前的 DNA 折纸技术有一个局限,就是尺寸被限制在 100 纳米,如果将其放大,它们会变得过于松软,无法形成一个特定的形状。为了进一步拓展纳米技术的应用前景,我们还需要大大增加“DNA折纸”的尺寸。

今日,同样是来自加州理工学院的钱璐璐教授开发了一种成本低廉的“DNA折纸”技术,能让大块大块的结构进行自我组装,形成完全自定义的结构。为了彰显这项技术的潜力,钱璐璐课题组用 DNA 创造了世界上最小的“蒙娜丽莎”画。这一突破性的成就登上了最新一期《自然》杂志的封面。

这是世界上目前为止最小的蒙娜丽莎画像,大致与单独的大肠杆菌一样大 ,整个画布仅有 100 纳米宽。100 纳米有多小呢? 1 米= 1000 毫米, 1 毫米= 1000 微米, 1 微米= 1000 纳米, 100 纳米则只有 10 的负 5 次方厘米大。

之前世界上最小的蒙娜丽莎画像是科学家利用纳米化学技术在约 30 微米宽的“画布”做出的,约为人发丝的 1/3 宽度,而这一次加州理工学院的作品仅 30 微米的 100 分之 1。

这幅世界上最小的《蒙娜丽莎的微笑》就是利用 DNA 折纸技术创造出来的。说到这里,你可能要问了,生物老师讲过,DNA 是储存信息用的,科学家们干嘛要拿它折纸呢?这个可能是生物老师的看法,但在纳米技术专家看来,DNA 是一种杰出的化学材料——DNA 中的四种碱基能精确地相互匹配,形成稳定结构。

举例来说,为了让 DNA 折成想要的形状,纳米专家们会在环境中提供一条长长的单链 DNA,并辅以多条能和该单链长 DNA 不同区域形成互补的单链短 DNA。在精确匹配后,最初的单链长 DNA 的各个互补区域会各自折叠,让整个分子自组装成我们想要的结构。多块不同的小折纸进行组合,就能拼出更大的结构。

说起来容易做起来难。想要让 DNA 组装成复杂的结构,就必须对 DNA 的生化特性有着极为深入的理解。如果不能准确预测每一块折纸的折叠方式,想要组装成复杂结构也就无从谈起。除此之外,我们还需要往上升华一层,理解每一块 DNA 折纸的生化特性。只有这样,我们才能确保不同的折纸块找到自己的伙伴,按正确的位置组合拼接在一起。

这正是钱璐璐教授团队所面对的挑战。为此,他们特地开发了一款软件,能根据输入的图像,设计一张“DNA”画布。画布由不同的 DNA 折纸组合而成,而每一块 DNA 折纸,都需要精确的设计。

该研究的共同第一作者 Grigory Tikhomirov 博士说道:“我们可以把每一块 DNA 折纸都加上不同的边缘,让它们和特定的 DNA 折纸相结合,在特定的位置发生自我组装,从而形成一个 DNA 超结构。但这样一来,我们就需要设计上百种不同的边缘。这在合成上是非常昂贵的,因此很难做设计。我们希望能使用很少的边缘特征,但依旧让不同的折纸找到自己的位置”。

要做到这一点的关键,就是分步进行组装。想象一下我们是怎么玩拼图的吧。每一片拼图只有四条边,而每一条边的模样是有限的。但如果我们先把几片拼图拼在一块,就能让这一小块拼图有着独特的边缘。我们就能以这些拼图为中心,拼出整块拼图的模样。

这正是钱璐璐教授课题组的思路。该研究的另一名共同作者、研究生 Philip Petersen 说道:“我们合成了每一种小的折纸块,并将它们放在不同的试管中。这样的试管一共有 64 根,知道每一根试管里有什么折纸块,因此可以发现如何对它们进行组合,组装出最后的产品。首先,从每 4 根试管里拿出折纸块进行组装。这样你就得到了 16 个 2x2 的折纸块。用同样的方法,进一步组装出 4x4 的折纸块。最终,组装出了一整块大的 8x8 折纸块,由 64 个小折纸块组成”。

这一 8x8 的折纸块是 Rothemund 博士在 2006 年折出的 DNA 的 64 倍大。由于研究人员不断重复使用同样的边缘进行组合,实际上研究人员们的工作量并没有多出许多。这能在保持成本接近的同时,拓展 DNA 折纸的应用前景。

                                         研究人员们还组装出了细菌(上)和公鸡(下)

钱璐璐教授说道:“为了让其他对平面 DNA 纳米结构感兴趣的研究者能快速用上我们的技术,我们开发了一款在线软件工具,能把用户喜欢的图片直接转化为 DNA 链,并提供实验方法。这一方法能直接被机器人读取,自动混合 DNA 链。我们不用费太多力气,就能让 DNA 自我组装成我们想要的纳米结构”。

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